O Colégio do Rio dispõe de transporte próprio nos trajetos Casa-Colégio e inverso, podendo os Encarregados de Educação optar por uma ou duas viagens diárias, de acordo com as suas necessidades.

O transporte recolhe as crianças, a partir das 8:00 horas, junto às respetivas residências ou num local previamente combinado e volta a deixá-las até às 18h30, segundo trajetos definidos no início do ano letivo.